こんにちは上領歯科医院の上領哲也です。
　親知らずを抜いて肩こりが治まった、ということは割合よくありますが、抜いてから肩こりが出る、というのは比較的珍しいですね。
　抜いた後の痛みはあるのでしょうか？痛みがあるとすれば、抜いた後の治癒不全（ドライソケット）などが考えられます。あるいは歯を抜く時にどうしても隣の歯にも圧力がかかるため、隣の歯が一時的に軽く抜けた状態になることがあります。そのような場合、じっとしていても痛みはないのですが、噛むとなんとなく違和感があるのですが、起きているときは注意してそちらで噛まないようにするため、片一方だけで噛むため、左右の噛みあわせのバランスが悪くなり肩が凝ってくるのかもしれません。
　また就寝時に無意識にそちらで噛んでしまうようなときもあり、それが肩こりなどをひきおこしているのかもしれません。軽く抜けたような状態になったとしても２〜３週間で治まってきます。もう少し様子をみておかれてはいかがでしょうか。