こんにちは上領歯科医院の上領哲也です。
　2本（ないしは３本）の根っこがある歯の、1本の根を抜くことをヘミ・セクションと言います。
　例えば貴方の場合奥から2番目のとのことですが（親知らずは含めません）、その歯は第一大臼歯と呼ばれ通常に２〜３本の根があります。おそらく以前に前の根っこに問題があり、保存不可能との判断で抜歯されたのではないでしょうか。
　そして残った後ろの根っこと、一本前の第二小臼歯をつないでブリッジにしておられたのでしょうね。そして今回その後ろの根っこに問題が起きて治療してみたところ、上手くいかないようなので先生は抜歯を進められた、ということですね？
　貴方がおっしゃるように、できるだけ歯を保存するというのは大事なことですが、ヘミ・セクションを行って保存した根っこは残念ながら、それほどもたないことが多いです。あくまで一時的なものだと認識された方が良いかもしれません。
　もしそれほど程度が良くない歯を無理に残して前の歯とブリッジにすると、第二小臼歯の負担がかなり高くなり、大事な第二小臼歯まで問題が起こってくるかもしれません。それは避けたほうが賢明かもしれません。不安定な後ろの根を抜いて、しっかりした第二大臼歯との間でブリッジを架けたほうがいいかもしれません。
　なんとなく貴方が納得がいかないのでしたら、他の先生にセカンドオピニオンを求められるというのも悪くはないでしょう。